GitHub MCP Server（github-mcp-server）使い方ガイド【2026年9月最新】｜Claude CodeにGitHub直接アクセスを与える完全解説

github-mcp-server は、GitHub が公式に開発・配布している MCP（Model Context Protocol）サーバーで、Claude Code などのAIツールから Issue・Pull Request・リポジトリ・Actions・セキュリティアラートを自然言語で直接操作できるようにします。 2026年9月時点で Claude Code から使うなら、「リモートサーバー（https://api.githubcopilot.com/mcp/）＋ Fine-grained PAT」の組み合わせが最も手間の少ない方法です。

最新バージョンは v1.12.2（2026年9月16日リリース） です。2026年5月の v1.0.5 から約4か月で12回のリリースがあり、ローカル版での OAuth ログイン、ルールセットなどを扱う governance ツールセット、リポジトリ削除時の多段確認といった変更が入っています。

この記事でわかること

• github-mcp-server の概要と、Claude Code からできること
• リモート／ローカル Docker／バイナリの接続方式の選び方
• Claude Code・Claude Desktop への導入コマンド（2026年9月時点の公式手順）
• Claude Code で OAuth ログインが失敗する理由と、PAT での対処法
• ツールセットの絞り込み、Read-only・Lockdown モードの設定方法
• プロンプトインジェクション（Toxic Agent Flow）の実例と対策
• 2026年5月〜9月の主なアップデート

想定読者：Claude Code（または Claude Desktop・Cursor など）から GitHub を直接操作したい開発者、チームリード、DevOps・プラットフォーム担当者。MCP 自体の仕組みから知りたい方は、先に MCPとは？仕組みと使い方 を読むと理解しやすくなります。

github-mcp-server とは？GitHub公式のMCPサーバー

出典: github/github-mcp-server 公式リポジトリ

github-mcp-server は、GitHub の API を「AIが呼び出せるツール」として公開する公式サーバーです。 Claude Code に接続すると、「このリポジトリの Open Issue をラベル別に整理して」「PR #456 をレビューして改善点を出して」といった指示が、そのまま GitHub 上の操作として実行されます。

旧 npm パッケージとの違い

GitHub 連携用の MCP サーバーは、もともと Anthropic の参考実装として npm パッケージ @modelcontextprotocol/server-github で配布されていました。現在は GitHub が引き継いだ github/github-mcp-server が公式版です。

2026年9月時点の公式インストールガイドに npx @modelcontextprotocol/server-github を使う手順はありません。古いブログ記事の手順をそのまま使っている場合は、リモートサーバーか Docker 版へ移行してください。

MCP を使わない方法との違い

Claude Code は、Bash 経由で gh コマンド（GitHub CLI）を実行して GitHub を操作することもできます。ではなぜ MCP サーバーを入れるのか。主な使い分けは次のとおりです。

GitHub Actions 経由の連携は Claude Code GitHub Actions の使い方 で詳しく解説しています。

github-mcp-server でできること（ツールセット一覧）

github-mcp-server の機能は「ツールセット（toolset）」という単位でまとまっており、有効にするツールセットを選んで使います。 2026年9月時点の公式 README では20種類以上が用意されています。

何も指定しない場合は、context・repos・issues・pull_requests・users の5つが有効になります。

特別な指定として、default（既定の5つ）と all（すべて）も使えます。

Claude Code での代表的な使い方

Anthropic 公式ドキュメントでは、GitHub 連携の例として次のようなプロンプトが紹介されています。

Review PR #456 and suggest improvements
Create a new issue for the bug we just found
Show me all open PRs assigned to me

日本語でも同じように指示できます。実務でよく使うのは次のような依頼です。

owner/repo の直近1週間の Open Issue をラベル別にまとめ、重要度（High/Medium/Low）の見立ても付けてください。

main 向けの Open PR のうち変更行数が500行を超えるものを一覧にし、分割できるか判断してください。

直近で失敗した Actions のワークフローのログを取得し、失敗原因の候補を3つ挙げてください。

料金：github-mcp-server 自体は無料

github-mcp-server はオープンソース（MIT）で、リモートサーバーを含めて追加料金はかかりません。 GitHub Docs には「プランに関係なく、すべての GitHub ユーザーが利用できる」と記載されています。ただし、有料機能を呼び出すツールには、その機能のライセンス要件がそのまま適用されます。

なお、Claude Code 側の利用料金は別途必要です。プラン別の料金は Claude Codeの料金プラン解説 を参照してください。

接続方式の選び方：Claude Code なら「リモート＋PAT」

出典: Anthropic - Model Context Protocol

Claude Code から使う場合は、リモートサーバーに Fine-grained PAT（個人用アクセストークン）を Bearer ヘッダで渡す方式がおすすめです。 Docker が不要で、サーバー側の更新も GitHub が行うため、管理の手間が最も少なく済みます。

Claude Code でリモートの OAuth ログインが通らない理由

リモートサーバー自体は OAuth に対応していますが、2026年9月時点で Claude Code の /mcp からブラウザ認証しようとすると「Incompatible auth server: does not support dynamic client registration」というエラーになります。

原因は、GitHub の OAuth が Dynamic Client Registration（DCR） に対応していないことです。Claude Code は、事前登録なしで OAuth クライアントを自動登録する DCR を前提に認証を進めるため、ここで止まります。Anthropic のリポジトリにも同じ症状の Issue（anthropics/claude-code #76020）が2026年7月に起票され、「not planned」でクローズされています。

そのため、Claude Code × リモートサーバーの組み合わせでは、PAT を Bearer ヘッダで渡すのが現実的な方法です。どうしても PAT を発行したくない場合は、ローカル Docker＋OAuth の構成を選んでください。

条件別のおすすめ

Claude Code への導入手順

出典: Claude Code 公式サイト

導入は「PAT を作る → claude mcp add で登録する → /mcp で確認する」の3ステップです。 Claude Code 自体のインストールや基本操作は Claude Codeの使い方ガイド にまとめています。

ステップ1：Fine-grained PAT を作成する

GitHub の Personal access tokens 設定画面 で Fine-grained PAT を作成します。最初は次の設定から始めるのが安全です。

Classic PAT を使う場合は、公式 README の例に沿って repo・read:packages・read:org など必要最小限のスコープに絞ってください。GitHub の Changelog（2026年1月）によると、トークンに不足しているスコープが必要なツールは自動的に非表示になる仕組み（OAuth スコープフィルタリング）が導入されており、権限を絞るほど AI に見えるツールも減ります。

ステップ2：Claude Code に登録する（リモート＋PAT）

Anthropic 公式ドキュメントに記載されているコマンドは次のとおりです。

claude mcp add --transport http github https://api.githubcopilot.com/mcp/ \
  --header "Authorization: Bearer YOUR_GITHUB_PAT"

GitHub 公式インストールガイド（Claude Code 2.1.1以降向け）では、JSON で登録する方法が案内されています。

claude mcp add-json github '{"type":"http","url":"https://api.githubcopilot.com/mcp","headers":{"Authorization":"Bearer YOUR_GITHUB_PAT"}}'

コマンド履歴に PAT を残したくない場合は、.env から読み込んで渡す方法が使えます。

export GITHUB_PAT="$(grep '^GITHUB_PAT=' .env | cut -d '=' -f2-)"
claude mcp add-json github '{"type":"http","url":"https://api.githubcopilot.com/mcp","headers":{"Authorization":"Bearer '"$GITHUB_PAT"'"}}'

設定の保存先（スコープ）を選ぶ

--scope オプションで、設定をどこに保存するかを選べます。

チームで .mcp.json を共有する場合は、PAT を直接書かず、環境変数を参照させます。

{
  "mcpServers": {
    "github": {
      "type": "http",
      "url": "https://api.githubcopilot.com/mcp/",
      "headers": {
        "Authorization": "Bearer ${GITHUB_PAT}"
      }
    }
  }
}

各メンバーは自分の PAT を環境変数 GITHUB_PAT に設定します。チームへの展開方法は Claude Codeのチーム導入ガイド も参考になります。

ローカル Docker で登録する場合

PAT を使う場合：

claude mcp add github -e GITHUB_PERSONAL_ACCESS_TOKEN=YOUR_GITHUB_PAT \
  -- docker run -i --rm -e GITHUB_PERSONAL_ACCESS_TOKEN ghcr.io/github/github-mcp-server

OAuth ログインを使う場合（v1.5.0以降）：

claude mcp add github -e GITHUB_OAUTH_CALLBACK_PORT=8085 \
  -- docker run -i --rm -p 127.0.0.1:8085:8085 -e GITHUB_OAUTH_CALLBACK_PORT ghcr.io/github/github-mcp-server

初回起動時にブラウザで GitHub の認可画面が開きます。GITHUB_PERSONAL_ACCESS_TOKEN も同時に設定されている場合は、PAT が優先されます。

GitHub Enterprise Server に接続する場合は、-e GITHUB_HOST=https://your-ghes.example.com のように接続先を追加で指定します。

ステップ3：接続を確認する

claude mcp list          # 登録済みMCPサーバーの一覧
claude mcp get github    # githubの設定詳細
claude mcp remove github # 削除する場合

Claude Code のセッション内で /mcp を実行し、github が接続済みになっていてツール一覧が表示されれば成功です。MCP 連携全般の設定やトラブル対応は Claude Code × MCP 連携ガイド で解説しています。

Claude Desktop への導入

Claude Desktop では、GitHub 公式インストールガイドに沿ってローカル Docker 版を設定します。 設定ファイル claude_desktop_config.json の場所は次のとおりです。

• macOS：~/Library/Application Support/Claude/claude_desktop_config.json
• Windows：%APPDATA%\Claude\claude_desktop_config.json
• Linux：~/.config/Claude/claude_desktop_config.json

PAT を使う設定例：

{
  "mcpServers": {
    "github": {
      "command": "docker",
      "args": [
        "run", "-i", "--rm",
        "-e", "GITHUB_PERSONAL_ACCESS_TOKEN",
        "ghcr.io/github/github-mcp-server"
      ],
      "env": {
        "GITHUB_PERSONAL_ACCESS_TOKEN": "YOUR_GITHUB_PAT"
      }
    }
  }
}

保存したら Claude Desktop を再起動し、入力欄のツール一覧に GitHub のツールが表示されることを確認します。公式ガイドには OAuth（GITHUB_OAUTH_CALLBACK_PORT を使う構成）の例もあります。

なお、Claude Desktop のカスタムコネクタからリモートサーバーへ直接つなぐ方法は、2026年9月時点の公式インストールガイドでは案内されていません。確実に動かしたい場合は Docker 版を使ってください。

ツールセットと権限の絞り込み方

github-mcp-server は「必要なツールだけを、必要な権限で」有効にするのが基本です。 ツールを絞るとコンテキストの消費が減り、AI が関係のないツールを選ぶミスも起きにくくなります。

設定方法の対応表（ローカル／リモート）

ローカル版はフラグか環境変数で、リモート版は HTTP ヘッダか URL で設定します。

優先順位は「除外指定 ＞ ツールセット・個別ツール指定」です。また、Read-only を有効にすると、書き込み系ツールを明示的に指定していても無効になります。

リモート版で絞り込む例

Claude Code でリモート版を使う場合は、ヘッダを追加して登録します。次の例では、Issue と PR のツールだけを読み取り専用で有効にしています。

claude mcp add --transport http github https://api.githubcopilot.com/mcp/ \
  --header "Authorization: Bearer YOUR_GITHUB_PAT" \
  --header "X-MCP-Toolsets: context,issues,pull_requests" \
  --header "X-MCP-Readonly: true"

ローカル Docker 版で絞り込む例

docker run -i --rm \
  -e GITHUB_PERSONAL_ACCESS_TOKEN \
  -e GITHUB_TOOLSETS=context,repos,code_security,secret_protection,dependabot \
  -e GITHUB_READ_ONLY=1 \
  ghcr.io/github/github-mcp-server

環境変数名やフラグは今後のリリースで変わる可能性があるため、導入時は公式の Server configuration で確認してください。

用途別のおすすめ設定

コンテキスト消費と出力サイズへの対処

MCP のツール定義は会話のコンテキストを消費します。2026年9月時点では、次の変更によって以前より負担が軽くなっています。

• Claude Code 側：公式ドキュメントによると Tool Search が既定で有効になっており、MCP ツールの定義は必要になったときに読み込まれる
• GitHub 側：2026年1月に Projects 関連ツールを3つに統合し、約23,000トークン（約50%）を削減。v1.6.0以降は fields パラメータで、レスポンスに含める項目を絞れる

注意が必要なのは、ツールの出力のほうです。Claude Code は MCP ツールの出力が1万トークンを超えると警告を出し、既定では2万5,000トークンで打ち切ります。大きな差分や長い Actions ログを扱う場合は、環境変数 MAX_MCP_OUTPUT_TOKENS で上限を調整するか、「失敗したジョブのログだけ」のように取得範囲を指示で絞ってください。コスト全体の抑え方は Claude Codeのコスト最適化ガイド にまとめています。

セキュリティ：プロンプトインジェクション対策と組織での管理

github-mcp-server の最大のリスクは、AI が読んだ Issue やコメントに仕込まれた指示に従ってしまう「プロンプトインジェクション」です。 サーバー側の修正だけでは根本的に防げない問題のため、利用者側で権限と運用を絞る必要があります。

実際に報告された攻撃：Toxic Agent Flow

2025年5月、セキュリティ企業の Invariant Labs が GitHub MCP を使った攻撃手法「Toxic Agent Flow」を公表しました（Invariant Labs の解説）。流れは次のとおりです。

1. 攻撃者が、誰でも書き込める公開リポジトリの Issue に、AI 向けの悪意ある指示を書き込む
2. 開発者が AI に「このリポジトリの Open Issue を確認して」と依頼する
3. AI がその Issue を読み、書かれた指示に従って動く
4. 同じトークンでアクセスできるプライベートリポジトリの情報を読み取り、公開リポジトリの PR として書き出してしまう

Invariant Labs は、これはサーバーのコードの欠陥ではなく、エージェントの構造に起因する問題だと指摘しています。Docker 社のブログ（MCP Horror Stories）でも同じ攻撃が取り上げられています。

利用者側でできる対策

Hooks を使った危険な操作のブロック方法は Claude Code Hooks の使い方 で、プロンプトインジェクションへの Claude Code 側の対策は Claude Code Auto Mode とプロンプトインジェクション対策 で解説しています。

github-mcp-server 側の対策（2026年のアップデート）

• v1.4.0（2026年6月）：AI がリポジトリを作成する場合、既定で private に
• v1.10.0（2026年8月）：リポジトリ削除に確認フォームと多段確認を必須化、GitHub Enterprise での HTTPS 強制、Lockdown とサニタイズ処理の強化、シンボリックリンクの安全な処理
• v1.11.0（2026年8月）：ツールの呼び出しごとにスコープを確認
• v1.12.1（2026年9月）：OAuth で求めるスコープをより限定的に修正

組織で管理する場合の注意点

組織で MCP サーバーの利用を管理する仕組みは、GitHub 側と Claude Code 側で別々です。両者は混同しやすく、設定場所も対象ツールも異なります。

GitHub 側の allowlist を設定しても、Claude Code の MCP 利用は制御できません。Claude Code を社内に展開する場合は、Claude Code 側の管理設定もあわせて整えてください。AI エージェント全般のセキュリティ設計は AIエージェントのセキュリティ対策ガイド と Claude Codeのセキュリティガイド を参照してください。

2026年5月〜9月の主なアップデート

2026年5月（v1.0.5）から9月（v1.12.2）までに、認証・セキュリティ・トークン効率の3分野で大きな変更がありました。 5月以前の情報で設定している場合は、次の表で差分を確認してください。

MCP 仕様のステートレス化の背景は MCPロードマップ（2026年8月版）の解説 で詳しく取り上げています。

トラブルシューティング

うまく動かない原因の多くは、認証方式とトークンの権限にあります。 よくある症状と対処法は次のとおりです。

こんな人におすすめ・おすすめしない人

こんな人におすすめ

• Claude Code で開発しながら、Issue・PR・Actions のログをブラウザに切り替えずに扱いたい開発者
• PR レビューの下書きや Issue の整理・重複検出を AI に任せたいチームリード
• Secret scanning・Dependabot・Code scanning のアラートを横断して確認したい DevOps・セキュリティ担当
• gh CLI よりも細かく AI の権限を絞って GitHub を操作させたい人
• GHES を含む GitHub Enterprise 環境で AI 活用を進めたいプラットフォームチーム

おすすめしない人・慎重に検討したほうがよい人

• PAT の権限設計やプロンプトインジェクションのリスクを把握しないまま、業務リポジトリにすぐ導入したい人
• 1つのトークンで公開 OSS と社内の機密リポジトリの両方を扱うつもりの人
• AI によるマージや削除を確認なしで許可する運用を想定している人
• 単発の操作しかしないため、gh CLI で十分な人（MCP を入れるほどのメリットは小さい）
• 社内規程で外部サービスへのトークン送信が禁止されており、ローカル版の運用体制も用意できない組織

当てはまる場合は、非機密のリポジトリに限定した PAT と Read-only モードで試すところから始めると安全です。

利用形態別のおすすめ構成

他の MCP サーバーもあわせて検討したい場合は、Claude Code向けMCPサーバーのおすすめ で比較しています。他社の公式 MCP サーバーの例としては AWS MCP Server の一般提供開始 も参考になります。

よくある質問（FAQ）

Q1. GitHub Copilot を契約していなくても使えますか？

使えます。GitHub Docs には、github-mcp-server はプランに関係なくすべての GitHub ユーザーが利用できると記載されています。リモートサーバーの URL に githubcopilot.com が含まれていますが、Issue や PR の操作に Copilot の契約は必要ありません。Copilot coding agent 関連のツールを使う場合のみ、Copilot の有料プランが必要です。GitHub Copilot との違いは Claude Code と GitHub Copilot の比較 や GitHub Copilotとは で解説しています。

Q2. gh auth token で取得したトークンを PAT の代わりに使ってもよいですか？

技術的には Bearer ヘッダに渡せますが、おすすめしません。GitHub CLI のトークンは一般に権限が広く、対象リポジトリも限定されていないため、プロンプトインジェクションが起きたときの被害が大きくなります。MCP 用には、リポジトリを限定した Fine-grained PAT を別に発行してください。

Q3. Cursor や VS Code でも同じ PAT と設定を使い回せますか？

PAT は共通で使えますが、設定ファイルの書き方はクライアントごとに異なります。公式リポジトリの docs/installation-guides にクライアント別の手順があります。ツールごとに必要な権限が違う場合は、PAT も分けたほうが管理しやすくなります。

Q4. Claude Code のエージェント（サブエージェント）ごとに使える GitHub ツールを変えられますか？

Claude Code 側の設定で、サブエージェントに許可するツールを指定できます。たとえばレビュー担当のサブエージェントには読み取り系ツールだけを許可する、といった分け方が可能です。設定方法は Claude Code サブエージェントの使い方 を参照してください。

Q5. リモートサーバーに送った内容は GitHub に保存されますか？

リモートサーバーは GitHub の API を中継する役割のため、操作内容は通常の GitHub API 利用と同じく GitHub 側で処理されます。データの扱いは GitHub のプライバシーポリシーと、契約している GitHub プランの規約に従います。社内規程で外部送信の範囲が決まっている場合は、GitHub Enterprise の契約条件を確認したうえで、必要に応じて GHES＋ローカル版を検討してください。

Q6. 新しいバージョンに更新するにはどうすればよいですか？

リモートサーバーは GitHub が更新するため、利用者側の作業は不要です。ローカル Docker 版は docker pull ghcr.io/github/github-mcp-server で最新イメージを取得します。ソースからビルドしている場合は、リポジトリを更新して再ビルドしてください。

まとめ

github-mcp-server は、Claude Code に GitHub を直接操作させるための公式 MCP サーバーです。2026年9月時点（v1.12.2）で押さえておきたいポイントは次のとおりです。

• 本体は無料。有料機能を呼び出すツールだけ、その機能のライセンスが必要
• Claude Code ならリモート＋Fine-grained PAT。GitHub の OAuth は DCR 非対応のため、/mcp からのブラウザ認証は現状通らない
• OAuth を使いたい場合はローカル Docker 版（v1.5.0以降）
• ツールセットと Read-only で最小構成から始める。慣れたら書き込み権限を少しずつ広げる
• 公開 OSS 用と業務用でトークンを分け、Lockdown を有効にする。Toxic Agent Flow のような攻撃への備えになる
• 組織で管理する場合、GitHub 側の allowlist は Claude Code には効かない。Claude Code 側の管理設定も必要

github-mcp-server は月に数回のペースで更新されています。導入後も 公式リポジトリ と GitHub Changelog を定期的に確認してください。Claude Code そのものの機能や特徴は Claude Codeとは で解説しています。